El 9 de abril de 2006, a la edad de 16 años, Jovetić hizo su debut absoluto con el Partizán de Belgrado bajo la dirección del entrenador Jürgen Röber durante un partido de liga contra el FK Voždovac Belgrado. Jugó para ellos hasta 2004 cuando se unió al Partizán de Belgrado. A partir de ese momento el jugador fue poco a poco asentándose en el equipo, prueba de ello es que anotó 3 goles en la fase de clasificación de la Copa de la UEFA ante el HŠK Zrinjski Mostar, partido que acabó con la victoria por 5-0 del Partizán, consiguiendo la primera tripleta de su carrera con tan solo 17 años.
